A Comissão Médica é um órgão de apoio aos Diretores Clínicos, por eles presidida, cabendo-lhe acompanhar e avaliar a atividade clínica, designadamente os aspetos relacionados com o exercício da medicina.

A Comissão Médica é composta pelos adjuntos dos Diretores Clínicos, pelos coordenadores das UCSP, das USF e da USP e pelos diretores dos serviços de prestação de cuidados, sem prejuízo dos Diretores Clínicos poderem convocar para participar nas reuniões, outros profissionais que considerem relevantes para o assunto a tratar.

A Comissão Médica reúne periodicamente, por convocatória dos Diretores Clínicos, podendo a reunião ser conjunta ou por tipo de cuidados conforme necessidade. Pode ainda reunir extraordinariamente, ou em comissões especializadas, sempre que tal se justifique.